A actual Sé deve-se ao impulso de D. Fernando que, em 1374, ordenou a demolição da velha Catedral, que se situava extra-muros e, assim, exposta aos perigos das guerras com Castela. Em 1390, já no reinado de D. João I, iniciava-se a construção da nova catedral, primeiro momento de um processo tão moroso que só viria a estar concluído em pleno reinado de D. João III, e por grande insistência do bispo D. Pedro Vaz Gavião.

Se as obras fundamentais decorreram durante a vigência estilística do gótico batalhino - há probabilidades de o projecto inicial se dever a um arquitecto saído do estaleiro dirigido por Huguet - , os portais manuelinos revelam a importância que D. Manuel deu aos pontos fundamentais de algumas obras, contrastando a riqueza decorativa destas micro-arquitecturas com a massa impressionante dos alçados. Do período de finalização das obras, data a Capela dos Pina, panteão de João de Pina, tesoureiro da Catedral, que nesta capela se fez sepultar num túmulo com jacente.
 

Em 1999 o IPPAR lançou uma empreitada de drenagens exteriores, tendo em vista a resolução de problemas de humidade no interior do templo. Paralelamente, decorrem obras de conservação e restauro da capela-mor e renovação da sinalética e iluminação.