O Estado da Bahia foi o local onde, primeiramente, aportaram os portugueses no Brasil, em 1500. Seu povoamento teve início no ano de 1534, sob forte influência dos jesuítas. A cidade de Salvador foi fundada em 1549 como a primeira capital do Brasil, pelo Governador-Geral Tomé de Souza. O tráfico de escravos africanos teve, na Bahia, um de seus principais pólos receptores no Brasil.
No século XVIII, a região foi atacada por holandeses, expulsos depois pelos portugueses, com o reforço de milhares de brasileiros, filhos de europeus com indígenas, que habitavam a terra. Como primeiro foco de colonização portuguesa no Brasil, a Bahia manteve, por cerca de um século, o título de mais importante porto marítimo do hemisfério sul, movimentando intenso comércio com a Europa, Ásia e África, enquanto a criação de gado, o plantio da cana e o fabrico de açúcar impulsionavam a colonização do interior.
Em 1798, ocorreu na região a Conjuração Baiana, também conhecida como Revolta dos Alfaiates que, inspirada nas idéias da Revolução Francesa e da Inconfidência Mineira, propunha a independência, a igualdade racial, o fim da escravidão e o livre comércio entre os povos. Teve a participação de escravos, negros libertos e pequenos artesãos da Bahia, que divulgaram, na ocasião, um manifesto conclamando o povo para um levante em defesa da República Baiense. O movimento foi delatado e reprimido. Alguns integrantes da facção mais popular foram condenados à morte e outros ao exílio.
Outro acontecimento marcante na história da Bahia foi a Guerra de Canudos, em 1897. A população humilde do sertão baiano passara a ver em Antonio Vicente Mendes Maciel, o Conselheiro, um líder espiritual messiânico que teve seu movimento violentamente sufocado por tropas federais, comandadas pelo major Moreira César. A vila por ele fundada, Belo Monte, com 25 mil habitantes, foi inteiramente destruída e sua população massacrada. O episódio gerou o famoso livro "Os Sertões", do escritor brasileiro Euclides da Cunha; "A Guerra do Fim do Mundo", do escritor peruano Mario Vargas Llosa; e, recentemente, o filme épico "Canudos", do cineasta Sérgio Resende.