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A freguesia foi criada em 14 de Março de 1553, através de uma carta de desmembração e separação da freguesia de Santa Maria. Esta carta, dada pelo arcebispo de Lisboa, D. Fernando, criou, também, as igrejas matrizes.

Os aglomerados populacionais de Palhais, Fontainhas, Fumeiros e Hortas, bem como várias ruas que se situavam no perímetro amuralhado medieval, entre o Postigo do Ouvidor e a Porta da Vila, constituíam São Sebastião.

A nova freguesia era, então, a que menor número de fogos integrava. Poucos séculos volvidos tornou-se a mais populosa do Concelho.

A primeira igreja paroquial, construída em 1490, foi a Ermida de São Sebastião, situada no actual miradouro, que adquiriu uma importância maior depois da abertura da Porta de São Sebastião. Nesta ermida foi instituída a nova freguesia, que aí se manteve até 1821.

A Ermida de São Sebastião, que já se encontrava bastante danificada devido ao terramoto de 1755, acabou por ser demolida, entre 1849 e 1857, pela Câmara Municipal.

Já no século XX, na década de 20, acompanhando a expansão da indústria conserveira, surgiram os bairros da Monarquina e de Santos Nicolau, bem como outros núcleos na zona ribeirinha. Nos anos 40, nascem os bairros Carmona e da Conceição.

Em 1959 foi inaugurado o Hospital de São Bernardo.

Uma nova expansão urbana, a industrialização e a definição das grandes vias e áreas de progressão, nos anos 70 e 80, fizeram surgir novos bairros como a Bela Vista e CHE da Azeda.

Fontes:

- “História da Freguesia de S. Sebastião”

- Junta de Freguesia de S. Sebastião