O herói da tomada de Aljezur aos mouros foi o Mestre da Ordem de Santiago - D. Paio Peres Correia e a ocupação contou com a "intervenção" de Nossa Senhora da Alva, que desde então se tornou a Padroeira de Aljezur. Quando no firmamento ainda brilhava a estrela da manhã, os cristãos, conduzidos pelos Cavaleiros da Ordem de Santiago, deram graças pela expansão da Fé e olhando o Céu agradeceram a Maria. Certamente, nesse momento, nasceu a invocação de "Senhora d’Alva".

Em 1267, pelo Tratado de Badajoz, celebrado entre o Rei de Castela, D. Afonso X e o Rei de Portugal, D. Afonso III, os castelos do Algarve e, consequentemente, o de Aljezur, são patrimónios convencionados politicamente, como pertença do Rei de Portugal.

Em 12 de Novembro de 1280, D. Dinis concedeu foral a Aljezur, a primeira Carta de Foral concedida pelo mesmo a uma terra algarvia e em 1 de Junho de 1504, D. Manuel reformou a Carta Diplomática de D. Dinis e concedeu novo Foral à "honrada Aljezur".

No século XVII foi mandado construir o Forte da Arrifana, edificado em 1635 e reedificado em 1670, que tinha como principal função a defesa de uma armação de pesca que, já em 1516, existia neste local.

O país viveu intensamente a restauração da Independência e em 1646 D. João IV tomou por Padroeira do Reino Nossa Senhora da Conceição, sendo a Igreja da Carrapateira dedicada à Virgem.

Em 1673 foi mandado construir o Forte da Carrapateira, por D. Nuno da Cunha de Ataíde, Conde de Pontevel e Governador do Reino, tendo envolvido a igreja já existente. Na época após Restauração, reinados de D. Afonso VI e seu irmão, Regente e depois Rei de Portugal - D. Pedro II, infestavam os mares portugueses corsários marroquinos que desembarcavam nos ancoradouros marítimos mais favoráveis e desprovidos de defesa militar. Iniciavam, então, o assalto às povoações mais próximas. Carrapateira ergue-se entre duas praias de fácil desembarque: a Praia da Bordeira, a Norte e a Praia do Amado, a Sul. Dessas praias dirigiam-se ao casario e praticavam com violência o roubo e a destruição. Levavam consigo, no espólio do massacre, jovens de ambos os sexos que eram vendidos como escravos nos mercados de Argel.

Aljezur e todo o concelho sofreu uma enorme destruição com o terramoto de 1755. Afastando-se dos escombros da vila, o Bispo D. Francisco Gomes de Avelar, projectou e fez construir em frente ao castelo e do outro lado da ribeira o templo da Igreja Nova, com o propósito de encontrar um espaço plano e arejado, não apenas para a Igreja mas também para o novo aglomerado urbano que deveria nascer.