A origem da povoação de Salir perde-se nos tempos, alvitrando-se a hipótese de ter sido habitada pelos Celtas, sendo certo que, pelos resultados obtidos através das escavações arqueológicas em curso no Castelo de Salir (ruínas do Castelo), esta povoação foi habitada pelos Árabes, tendo o Castelo sido construído durante o período da ocupação Almóada, no Século XII.

Salir é referenciado no "Portugaliae Monumenta Historica" como local onde D. Paio Peres Correia aguardou a chegada de D. Afonso III, para juntos empreenderem a conquista do que ainda na província restava em poder dos mouros.

Salir, tornou-se depois no tempo de D. Afonso III, uma praça forte conferindo ao Castelo de "Selir" (designação Árabe) um papel privilegiado na conquista definitiva do Algarve.

O Castelo, ao que se supõe, foi incendiado e reconstruído por duas vezes, restando hoje, apenas, ruínas das suas muralhas.

No censo de Pina Manique de 1798, consta a Freguesia de São Sebastião de Salir, detentora de 408 fogos, no Concelho de Loulé e comarca de Tavira.