No contexto da guerra da Restauração da independência, sob o governo de D. João IV, a Coroa portuguesa determinou a demolição do mosteiro abandonado e a utilização de suas pedras na construção de uma fortificação para a defesa daquele ponto estratégico do litoral. Embora se ignore a data em que as obras foram iniciadas, já em 1655, quando ainda em construção, resistiu com sucesso ao seu primeiro assalto, ao ser bombardeada por três embarcações hasteando bandeira turca.
Em 1666, no contexto da tentativa de rapto da princesa francesa Maria Francisca Isabel de Sabóia, noiva de Afonso VI (1656-67), uma esquadra espanhola integrada por 15 embarcações intentou a conquista do forte, defendido por um efetivo de pouco mais de duas dezenas de soldados sob o comando do Cabo Antônio Avelar Pessoa. Numa operação combinada de bombardeio naval e desembarque terrestre os atacantes perderam, em apenas dois dias, 400 soldados em terra e 100 nos navios (contra um morto e quatro feridos pelos defensores), sendo afundada a nau Covadonga e sériamente avariadas outras duas afundadas no regresso a Cádiz. Traída por um desertor, sem mais munição e mantimentos, a praça finalmente se rendeu perdendo nove das peças da sua artilharia capturadas pelos invasores.
Ao tempo da Guerra Peninsular foi utilizada, como base de apoio pelas forças inglesas, numa campanha de guerrilha na qual colaborou ativamente a população de Peniche.
Posteriormente sofreu obras de restauração, com a reedificação da Capela em seu interior.
Durante as Guerras Liberais, a fortaleza encontrava-se em mãos dos partidários do rei D. Miguel (1828-34). Com deficiência de artilharia, entretanto, não resistiram diante do assalto dos liberais que a utilizaram como base para o assalto à cidadela de Peniche, reduto dos miguelistas.
Sem maior valor militar, diante da evolução dos meios bélicos no século XIX, foi desartilhada (1847) e abandonada passando a ser utilizada como base de apoio para a pesca comercial.
Em meados do século XX foi parcialmente restaurada e aberta ao turismo adaptada como pousada. Actualmente funciona apenas como casa-abrigo, sob a gestão da Associação dos Amigos das Berlengas.
Características
O forte de planta poligonal irregular (orgânica), foi-lhe acrescentada no séc. 20 uma edificação principal no terrapleno, com doze salas ou quartos onde funcionavam as dependências de serviço (quartéis de tropa, casa de comando, armazéns, cozinha e outros) e mais oito compartimentos inscritos no interior das muralhas. Um corredor sem iluminação dá acesso internamente aos vários pontos da estrutura.
