A partir de 1791, dado o precário estado de conservação do Forte de Nossa Senhora do Carmo, foram iniciadas obras para reconstrução da estrutura, em alvenaria de pedra e cal. Em 1795 assumiu o comando do forte o Capitão Francisco Rodrigues do Prado.[2]

O Governador e Capitão-general da Capitania de Mato Grosso, Caetano Pinto de Miranda Montenegro (17??-1804), tendo em vista as iniciativas espanholas do Fuerte Bourbon e do Fuerte de San Carlos del Apa na região fronteiriça, decidiu erigir uma fortificação mais sólida "na ponta do morro, onde fazem um grande ângulo obtuzo dois compridos estirões do [rio] Paraguai, que ficarão flanqueados pelo novo forte, o que não faria a antiga estacada."[3]

A partir de 1796, as obras do Forte Novo de Coimbra ficaram a cargo do Tenente-coronel Ricardo Franco de Almeida Serra, engenheiro militar e geógrafo, que prosseguiu as obras de reconstrução (3 de novembro de 1797) na qualidade de comandante do forte.[4] A planta de sua autoria (Planta do novo Forte de Coimbra, situado na margem ocidental do Paraguai, 1797. AHEx; BN, Rio de Janeiro) mostra a primitiva estacada ao lado da qual foi erguida uma fortificação orgânica, adaptada ao terreno, com o traçado de um polígono estrelado irregular. As muralhas, de cortinas asseteiradas, envolviam toda a fortificação, acompanhando o declive da encosta. Comportava duas baterias em plano horizontal, cruzando fogos sobre o rio, com oito canhoneiras pelo lado do rio e mais oito pelo lado de terra. A sudoeste, um fosso protegia a fortificação de um assalto pelo lado de terra. Completavam o conjunto edificações para a Capela, a Casa de Pólvora e Quartéis para a tropa.

[editar] O cerco espanhol de 1801Essa nova estrutura ainda se encontra em obras quando uma expedição de quatro escunas e duas canoas guarnecidas com 600 homens, sob o comando do Governador do Paraguai, D. Lázaro de Ribera, na Guerra de 1801, atacou o Forte Novo de Coimbra então guarnecido com apenas 42 homens, que resistem a um cerco de dez dias, de 16 a 25 de setembro de 1801.[5]

Ricardo Franco de Almeida Serra faleceu no comando da praça em 1809,[6] às 14 horas do dia 21 de janeiro.

[editar] A segunda metade do século XIX: Guerra da Tríplice AliançaEm 1851 o armamento do forte foi aumentado com quatro peças de calibre 24 libras e algumas de calibres 9 e 6, que jaziam desde 1820 às margens do rio Guaporé, destinadas ao Real Forte Príncipe da Beira, de acordo com informação do Almirante Augusto Leverger, Barão de Melgaço.[7] Obras de reforma e de ampliação foram executadas entre 1855 e 1856.

Na iminência da Guerra da Tríplice Aliança (1864-1770), o seu estado era informado ao Presidente da Província:

"A 30 do mês findo cheguei aqui de volta do Forte de Coimbra, para onde fui conduzindo o batalhão de artilharia da Província. Provavelmente V. Exa. terá recebido uma participação circunstanciada do estado daquele Forte, assim como de outras diligências procedidas pelo Exmo. Sr. Comandante das Armas, que comigo aqui regressou no mesmo dia; todavia direi a V. Exa., que não é satisfatório o estado do dito Forte, contudo pode resistir aos navios do Paraguai e defender-se talvez dos seus ataques por terra. O Exmo. Sr. Comandante das Armas determinou alguns melhoramentos e serviços que entende serão de vantagem e pretende fortificar a antiga posição da Marinha em frente ao mesmo Forte (...)."[8]
A invasão se materializou quando cinco batalhões de infantaria e dois regimentos de cavalaria a pé, num total de 3.200 homens, armados com doze canhões raiados, uma bateria de trinta foguetes franceses de 24 mm, protegidos por dez embarcações de guerra (entre as quais o Marquês de Olinda, adaptado) sob o comando do Coronel paraguaio Vicente Barrios, intimaram o forte a se render (27 de dezembro de 1864). Apesar do comando da praça ser do Capitão Benito de Faria, nele se encontrava em visita de inspeção naquele mês, o Tenente-coronel Hermenegildo de Albuquerque Porto Carrero, comandante do Corpo de Artilharia de Mato Grosso e do Distrito Militar do Baixo Paraguai, que assumiu, a título eventual, o comando do forte, frente à ameaça. A posição brasileira estava então artilhada com onze peças de bronze de alma lisa em bateria, e mais vinte sem reparos, guarnecido por 125 oficiais e soldados de artilharia a pé, reforçados por cerca de 30 guardas nacionais, alguns guardas de alfândega, meia dúzia de prisioneiros e duas dezenas de índios mansos. Durante dois dias, os combates foram intensos. As esposas e familiares dos oficiais e praças prepararam cartuchos de pólvora, ataduras, e atenderam como possível os feridos. Sem recursos para resistir e distante de reforços, o forte foi evacuado em ordem, na noite de 28 para 29, na canhoneira Anhambaí. O forte (e a bateria fronteira, no Morro da Marinha, cf. BARRETO, 1958:303) permaneceu ocupado pelas forças paraguaias até abril de 1868, quando o abandonaram conduzindo a sua artilharia e tudo o que nele existia.[9]

Findo o conflito, iniciou-se a reconstrução do forte, cujos danos sofridos haviam sido consideráveis, quase perdendo as próprias muralhas sob o fogo da artilharia inimiga.[10] Comandou as obras o Major Joaquim da Gama Lobo d'Eça, por determinação do Governo Imperial.[11] Em 1872, o Major Francisco Nunes da Cunha, que o comandou, procedeu a obras de ampliação, melhorando a defesa pelo lado oeste.