São Francisco de Borja é o mais antigo dos Sete Povos das Missões. Pra falar sobre São Borja, é necessário, uma rápida retrospectiva sobre os demais povos jesuíticos. Quando os primeiros jesuítas iniciaram a catequese no qual estado do RS, a questão de limites da nossa região era ainda muito confusa, apesar do Tratado de Tordesilhas (1494). Os espanhóis eram os senhores da Bacia do Prata e do oeste da América do Sul, grandes extensões de terra; sendo que nelas estava incluído o território missioneiro. Os jesuítas espanhóis a mando do rei Felipe II da Espanha, iniciaram seu trabalho apostólico em 1588 pela então província do Paraguai, que abrangia o atual Paraguai, leste da Bolívia, Argentina, sudoeste do Brasil e Uruguai. O rei doaria as terras aos guaranis, desde que abraçassem a fé, aceitando as orientações dos jesuítas. Apartir de 1610, começaram a surgir as florescentes reduções do Guaíra (no Paraná, até a Foz do Iguaçu), cuja fama ecoou até as campinas do sul. A primeira tentativa de penetrar no atual estado do Rio Grande do Sul, em 1619, pelo Ibicuí acima pelo padre Roque Gonzales foi frustrada, porém, em 1626, esse mesmo padre, entra pelo rio Piratini, no ponto que este desemboca no Uruguai, avança duas léguas e funda a redução de São Nicolau, em território Tape. Os iniciadores desse trabalho de catequese, o padre Roque Gonzales e o padre Afonso Rodrigues, foram trucidados. Mortos os missionários, começa a destruição de tudo. A redução de São Nicolau e outras já fundadas em terras brasileiras e argentinas, como a de Santo Tomé, foram abandonadas em conseqüência da invasão dos bandeirantes paulistas que avançaram sobre as reduções, destruindo-as completamente, obrigando os missionários e indígenas a transporem o rio Uruguai. Parte do gado que escapou, começou a criar-se solto, povoando aos poucos os pampas da região. Esse fato constitui-se como primeira fase da cultura jesuíticas do Rio Grande do SUL. Apesar de as terras de nossa região ainda pertencerem aos espanhóis, passaram a ser muito cobiçadas pelos portugueses, por causa do gado que existia em grande quantidade pelos campos. Começaram a se interessar pela região dando início aos conflitos entre Portugal e a Espanha.. Os padres das missões de quando em quando, mandavam índios, para controlar manadas, que aumentava rapidamente, contando com aproximadamente 15.000 cabeças de gado alçadas nos campos, embora desde 1657, alguns povos da Banda Ocidental do Rio Uruguai tivesse começado a ter suas estâncias essa região. Em 1680, a mando do governo português, D.Manuel Lobo, fundou um forte militar às margens do Rio da Prata. O local recebeu o nome da Fortaleza do Sacramento. Essa fotaleza deveria defender a região contra os ataques dos espanhóis, que moravam por perto, na cidade argentina de Buenos Aires. Além de servir para fins militares, também funcionou como porto para fazer comércio e marcar a presença portuguesa.. Como a colônia do Sacramento encontrava-se longe dos outros povoados, dificultando a chegada de reforços, o paulista Domingos de Britto Peixoto, fundou laguna em Santa Catarina. O cerco da Colônia do Sacramento efetuado pelos espanhóis, logo após a sua fundação, pelos portugueses, levou missionários e índios descendentes dos que haviam imigrado há cerca de 50 anos antes a se estabelecer nas terras de seus antepassados. Foi assim que começou a penetração em nosso território, não só para a exploração do gado das vacarias, como para o encaminhamento de soldados que, por ocasião da fundação da Colônia do Sacramento pelos portugueses, era atacada constantemente pelos castelhanos de Buenos Aires, que entendiam que que aquelas terras, pelo Tratado de Tordesilhas, pertenciam a Espanha. Portanto, com o despreendimento de uma colônia de índios, iniciou a construção de novas aldeias. Receberam o nome de “Sete Povos da Banda Oriental do Uruguai”, iniciando com SÃO BORJA, em 1682; São Nicolau, São Miguel e São Luiz Gonzaga em 1687; São Lourenço em 1690; São João Batista em 1697, concluindo este retorno com a fundação de Santo Ângelo em 1707, logo esses povos dividiram entre si o Rio Grande em estâncias, entre meadas com as outras, dos povos da Banda Ocidental do Rio Uruguai; constituindo a segunda fase de cultura jesuítica. A fundação de SÃO BORJA, que se verifica em 1682, tem origem nessas atividades militares que impõem a Santo Tomé, a criação de um posto de emergência para a defesa do vasto território, ameaçado pela extensão portuguesa, que ruma para o Prata acrescida pelas exigências de ordem econômica que a pecuária criara com a descoberta das Vacarias do Mar. Santo Tomé, lançando essa colônia, retomava a posse efetiva das terras que pertenciam, por direito de hereditariedade, aos seus primitivos fundadores de origem Tape.