A partir de finais do século XIX, e do centenário de 1892, foi considerado natural de Génova. Actualmente, historiadores diversos levantam a hipótese de ele ser português, catalão, basco, galego e mesmo grego, e quase certamente de ascendência judaica. Conhecia as línguas antigas e o hebraico; não escrevia italiano, mas sim uma forma aportuguesada do castelhano. Segundo a tese portuguesa, provavelmente a mais consistente, Cristóvão Colombo seria Salvador Fernandes Zarco, que existiu de facto, nobre ilegítimo natural da vila alentejana de Cuba em Portugal, e familiar de João Gonçalves Zarco, antigo navegador português de ascendência judaica - o que justifica o facto de ter baptizado ilhas com o nome de São Salvador e Cuba (para além de muitas outras cujo nome se relaciona com a sua família e região), o facto nunca escrever italiano mas sim um castelhano aportuguesado (ainda hoje corrente em comunicações entre portugueses e espanhóis), conhecer o hebraico e ter ligações às regiões da Ilha da Madeira e do Alentejo (tal como o seu antepassado).

Mantinha um diário em latim e outro em grego. Colombo é uma forma latinizada do seu apelido. Na sua assinatura hierática lê-se Xpo ferens ("portador de Cristo") além de siglas que originaram interpretações variadas, mais convencionais ou mais esotéricas. Quem defende que Colombo era Salvador Fernandes Zarco associa com naturalidade a referência de Cristo ao seu nome próprio (Cristo veio ao mundo como um salvador) bem como a expressão "ferens" associada a "Fernandes" e uma das siglas mais utilizadas, onde as letras S, F e Z se vislumbram com facilidade; Colombo seria até um nome errado, pois nas suas assinaturas aparece o símbolo ":" ("colon" em muitas linguas como o castelhano e o inglês), que justifica o seu nome em castelhano: "Colón".